冲绳美丽海水族馆实行环境省的“稀有种保育动植物园认定”等制度，推行生物保护工作。
水族馆并非只是生物的展示养育空间，同时也进行着调查研究的工作。
动植物园等机构在保护和復育稀有有野生动植物物种、推广环境教育和普及宣传等方面，符合特定标准，请由日本环境省大臣认定为「稀有种保育动植物园」。
冲绳美丽海水族馆保护稀有物种，旨在将经过治疗和康复的个体送回野外。
